巧克力囊肿严重，一般也是不会不来月经的。因为巧克力囊肿即使是体积很大，一般情况都不会严重影响到卵巢的功能。

所以有巧克力囊肿的情况，巧克力囊肿如果体积大，并且伴有其他的子宫内膜异位症的情况，也有的要根据病情来决定治疗。有的患者必须接受尽早的手术治疗，尽量不要等到巧克力囊肿变性或者发生扭转，或者发生破裂等等问题。

如果同时有不来月经，也首先要做内分泌的检查。巧克力囊肿虽然是良性的，也常常会有恶性行为，确实有的会有卵巢功能下降、不来月经的情况，也是要通过检查来明确的。