真菌性肉芽肿是一种深部真菌感染，因此任何能引起深部组织感染的真菌，都可能是本病致病菌，如新生隐球菌、念珠菌、波伊德霉样真菌、藻类等。

近年来，由于抗生素激素和免疫抑制剂的广泛临床应用，器官组织移植手术的推广，真菌感染的发病率不断增加。

真菌广泛分布于自然界，当机体抵抗力降低时，可侵入肺门和脑、脊髓、肾上腺等多种形式的侵犯大脑。往往先从呼吸道侵入，形成肺部病变，然后通过全身各器官的血液扩散到颅骨。少数真菌如曲霉可直接通过口腔、鼻腔、鼻窦等部位侵入中枢神经系统。