包皮上长小疙瘩的处理方法如下：

1.如果包皮上的小疙瘩为阴茎珍珠状丘疹，是一种良性的病变，不会对生殖器造成不良影响，一般也不需要进行特殊的处理。如果男性存在一些心理障碍，可以通过激光或者冷冻疗法予以去除。

2.如果包皮上的小疙瘩为炎症感染所引起，可外涂红霉素软膏进行治疗，也要经常对包皮与龟头部位进行清洗，在必要时还可口服抗感染的药物配合进行治疗。

3.如果包皮上的小疙瘩为尖锐湿疣，在确诊以后应进行抗病毒治疗，并且禁止性生活。