肛窦炎如果手术后很久仍然还伴有疼痛症状，有以下几种可能性：

第一，人体的肛窦有四到六个，虽然已经切除了原来病变的肛窦，其他地方的肛窦又并发出现炎症而导致的疼痛。

第二，也有可能是原切除肛窦的手术切口并没有完全愈合，甚至导致局部溃疡形成肛裂，也会导致局部疼痛症状。

第三，疼痛症状并非由于肛窦而引起，一些肛周的常见疾病也会导致疼痛，例如肛周脓肿、肛裂、肛瘘以及痔疮等。患者可以去医院就诊，行肛门指诊一般就可以明确诊断。