两性霉素B是对肺牙山菌病的有效药物，但要注意它对肾功能的损害，要多喝开水，使用利尿剂，加快药物的排泄。定期复查肺部CT、痰培养和感染部位进行适当的治疗。伊曲康唑可治疗非致命性，没有侵犯到脑膜的肺芽生菌病，氟康唑也可以用来治疗肺芽生菌病。如果有咬伤或者撕裂伤要用碘伏消毒。对于有脓胸或者支气管胸膜瘘的患者，可以行外科手术治疗，手术前应该口服两性霉素B进行治疗，以免感染的扩散。