小便颜色发暗一般和泌尿系统疾病或者生殖系统疾病，例如尿道炎、膀胱炎、阴道炎、精索炎症、输精管炎症，或者是这些组织存在囊肿后，也会引起小便颜色发暗。

正常小便颜色为淡黄色，如果发现小便颜色发暗，一般考虑和肾脏对体液的代谢与过滤功能下降有关，例如肾炎人群或者肾囊肿人群，也会出现小便发暗现象。

小便颜色异常需要尽快到正规医疗机构，做生殖系统和泌尿系统彩超检查，明确具体致病原因，对症治疗。