月经第三天头痛，多考虑可能为经期紧张综合征所引起。如果头痛比较严重，可服用布洛芬、对乙酰氨基酚等非甾体类消炎镇痛药物，同时应注意保持情绪稳定，避免出现焦虑的情绪，有利于缓解头痛。

如果表现为一侧头痛，多考虑可能为偏头痛所引起。建议由医生指导应用羊角冲剂、盐酸氟桂利嗪胶囊等药物，可帮助减轻头痛症状。

如果头痛症状并不是很严重，建议尽量避免用药，可针对头部进行适当按摩，帮助改善头部的血液循环，也可在一定程度上减轻头痛症状。在此期间，注意保持良好的生活方式，多休息，避免进食辛辣食物。