心源性的脑血栓是指来源于心脏的栓子，经血液循环流入在脑动脉，堵塞脑血管，造成脑组织缺血、缺氧而引起的脑栓塞。

本病的病因主要来源于心房纤颤，心房纤颤的患者，心房的收缩力下降，不能顺利的把血液排出，血液在心房内形成附壁血栓，如果血栓脱落，就会形成心源性的栓子，堵塞脑血管。

其次，还有风湿性心脏病的患者，心脏内膜容易心脏的赘生物和附壁血栓。其他的病因包括心肌梗死、心脏手术、心脏移植、先天性心脏病等。