线粒体脑疾病和小儿偏瘫有以下不同：

病因不同。线粒体脑疾病主要是由于线粒体DNA和线粒体DNA缺陷所导致的结构和功能障碍所引起的疾病。小儿偏瘫多见于颅内疾病，例如颅内感染性疾病、颅脑外伤、小儿缺血缺氧性脑病等。

临床表现不同。线粒体脑疾病发病的时候，主要为眼睑下垂、眼肌麻痹、眼球运动障碍，还有的不能耐受疲劳和肌无力的症状。小孩偏瘫没有肌无力和不能耐受疲劳的症状，主要是偏侧肢体无力，有可能伴有颅神经损害、肢体感觉功能障碍等。