孕三个月阴道流血主要有以下几个原因：

第一，可能是先兆流产，导致先兆流产的原因有很多，比如在怀孕初期还不是很稳定、年龄、怀孕次数增加、反复的流产史等，需要卧床休息进行保胎治疗，不能做剧烈运动，避免劳累，加强饮食上的营养等。

第二，可能是宫外孕引起的流血，受精卵生长了子宫以外的位置，随着月份的增加，胚胎会撑破附着的位置从而引发出血；如果发现是宫外孕，应立即终止妊娠。