天冬氨酰葡萄糖胺尿症的症状，多数病人在幼儿期即出现上呼吸道感染、皮肤感染和肠道感染，并引起腹泻。

智力和运动发育障碍，可导致身材矮小、运动笨拙、语言障碍、智力低下、面容粗笨，呈黏多糖贮积症Ⅰ型样的特征，表现为面颊明显内陷、鼻梁塌陷和短颈。

约半数病例有较大的皮肤痣、光感性色素沉着及酒糟鼻等皮损，多数病例可有精神症状，表现为攻击性和反常行为或狂躁、抑郁性精神病等，其他表现可有肝脏轻度肿大，主动脉瓣肥厚狭窄以及心脏异常。