胚胎自身发育不好的原因，常常和胚胎自己的染色体突变相关，是胚胎本身就存在质量问题。有的会送病理化验，可以检查到胚胎存在明显的染色体异常。

胚胎的生长发育本身就会受到太多的因素影响，比如精子和卵子的质量，着床之后女性的内分泌情况、营养状况，以及是否接受过各种物理、化学物质的刺激，污染等。

有一些胚胎停止发育是女性身体状况引起的，比如有血栓前状态、免疫功能异常、血糖高或者有各种病毒感染等。