白喉和疱疹性咽峡炎的主要区别是病原微生物的不同。白喉的病原微生物是白喉棒状杆菌，疱疹性咽峡炎的病原微生物是单纯疱疹病毒。

白喉是由白喉棒状杆菌感染而导致的一种急性呼吸道传染性疾病，患者可能会出现发热、咽喉部白膜等全身性的并发症。而疱疹性咽峡炎是由病毒感染所导致的一种局部的病毒感染性疾病，该病也具有传染性，但通常其患儿温度比较高，患者有明显的疼痛感。

此外，两者在治疗上也不一样。白喉需要抗感染治疗，而疱疹性咽峡炎主要是抗病毒以及对症支持治疗。