怀孕40天自然流产的原因有以下几点：

1.胚胎发育不全，如果孕卵出现异常时，也就会导致早期流产的情况，尤其像怀孕头两个月时，约有80%左右的精子和卵子都会出现某种缺陷。

2.全身性疾病，孕妇患有伤寒、肺炎以及流感等传染性疾病，细菌就很容易通过胎盘进入胎儿体内，当出现高热时就会引起子宫强烈收缩，从而诱发流产。

3.内分泌功能失调，当女性体内孕激素分泌不足时，就会出现受精卵发育不良，从而诱发流产的现象。

4.免疫因素，如果夫妻双方出现免疫排斥，也会发生自然流产。