怀孕四十天药物流产是否可以干净，不好确定。

大部分怀孕四十天内的宫内孕，通过服用米非司酮和米索前列醇终止妊娠后，都可以流产干净。但有少部分会出现流产不全或药物流产失败的可能性，所以不好确定能否流干净。

怀孕四十天如果通过彩超确定是否宫内孕，并且没有药物流产禁忌证时，可以在医生指导下服用药物流产，严格按说明用药。孕囊排出后还需配合服用活血化瘀药物促进子宫收缩，促使残留物排出，减少药流不全的几率。流产一周后复查宫腔内是否有残留物，注意调理身体。