怀孕四十天自然流产的原因有很多，主要包括以下几个方面：

1.胚胎因素。染色体异常，包括染色体数目异常和结构异常两种情况，这是自然流产最常见的原因。

2.母体因素。全身性的疾病，比如孕妇有贫血或者心力衰竭、内分泌功能失调、感染、创伤等，母儿双方免疫不适应，母体内有抗精子抗体异常导致早期的流产，生殖器官的异常。其他方面比如母儿血型不合，母亲过度劳累或有吸烟、酗酒、吸毒等不良习惯等。

3.环境因素。接触过多有害的化学物质或者物理因素，直接或间接对胎儿都有可能造成损害，导致流产。