霉菌性食管炎和梅毒患者在食管炎有相似的地方。

如症状相似，出现胸骨后不适感，伴有反酸、恶心、吞咽异物感，伴有溃疡时还可出现疼痛和吞咽时的梗阻感等。内镜下表现相似，食管壁可出现散在隆起白斑和黏膜充血，严重者有结节样或融合表现，甚至伴有溃疡、狭窄。

但二者病因和治疗均不一样，梅毒是一种由梅毒螺旋体所引起的性传播疾病，食管炎是其全身损害的局部表现，而霉菌性食管炎往往是因为菌群失调所导致。二者鉴别可从实验室检查或内镜下取病理来区分。