常染色体显性多囊肾的并发症包括高血压、感染、结石以及贫血。高血压是常染色体显性多囊肾患者最常见的并发症。鉴于30%儿童患者，60%合并肾功能不全的患者，在慢性肾衰竭患者中高达80%。

高血压是促进肾功能恶化的危险因素之一。而泌尿道和囊肿感染是多囊肾病患者发热的首要原因，主要表现为膀胱炎、肾盂肾炎以及肾周脓肿。而20%的常染色体显性多囊肾患者合并肾结石，其中大多数结石成分是尿酸或草酸钙。

其次，常染色体显性多囊肾病患者较其他肾病肾衰竭患者贫血出现晚且程度轻，患者在未发展至慢性肾衰竭之前通常可以无贫血。