大多数的儿童直肠脱垂都能够自愈。很多儿童直肠脱垂属于生理性暂时性改变。

儿童直肠脱垂主要是因为盆腔支持组织发育不够完善，不能对直肠承担充分的支持作用。还有儿童骶骨弯曲尚未形成，耻骨直肠肌薄弱无力，使肛管直肠角较大，直肠呈垂直状态并活动。

特别当儿童营养不良、久泻久痢、腹压持续增加时，直肠就会脱出。随着年龄的增长，生长的发育，脱出症状就会逐渐好转。如果超过10岁以上症状仍然持续加重，就属于病理性直肠脱垂，后期就需要手术干预。