白塞综合症的基础病因尚不清楚,与其他自身免疫性疾病一样，对具有白塞综合症遗传易感性（也就是说某些基因的改变导致个体相比较其他人更容易患病）的这种患者，暴露于某种因素，比如说可能是感染情况下，可能就会得此病。

白塞综合症的病因有以下几方面。

第一，遗传因素的影响：已发现多个基因控制白塞综合症的遗传易感性，也可能影响疾病的严重程度。宿主细菌或细菌反应的改变：某些细菌与人体内结构类似的抗原。感染后可误导机体免疫系统，将与细菌抗原结构类似的人体自由分子认为是外来抗原，从而引发免疫反应。

第二，免疫复合物和自身抗体的出现：免疫系统的异常激活，产生了大量针对自体自身组织的免疫复合物和自身抗体，对自身靶点进行攻击。

第三，血管内皮活性和高凝状态：受到免疫体系攻击的血管内皮细胞被异常激活，分泌产生促凝血的因子，使机体处于高度容易凝血的状态。

第四，病毒和细菌抗原：某些病毒和细菌感染后误导自身免疫系统而引起白塞综合症发生。

第五，其他环境因素：某些化学物质或者重金属也可能引起白塞综合症，但目前尚无定论。

第六，直接感染：直接感染可能是诱发白塞综合症的因素，但目前尚未观察到病变组织存在直接感染的证据。