新生儿柯萨奇病毒B感染的治疗，主要以抗病毒治疗和对症支持治疗为主。

新生儿的柯萨奇B病毒感染，绝大部分是和母亲患有此病有关系，大多有肠道还有呼吸道的感染而发生，还可以发生由胎盘传给胎儿的可能。所以，新生儿出生以后，就可以表现为起病比较突然的拒食、呕吐，同时有面色苍白、发绀，还有呼吸困难，这些类似于肺炎的症状。而且患儿会出现迅速的心力衰竭、全身性的浮肿、心包摩擦音一些严重心衰的情况，肝脏的肿大也会伴随出现。

所以，要迅速的控制患儿的心力衰竭情况，要纠正心衰，并给予有效的抗病毒治疗，这样的情况下，患儿的病情如果得到缓解，可以获得救治。柯萨奇B病毒大多引起新生儿的是心肌炎、脑炎，以及肝脏的损害，也可以在新生儿科引发聚集发病，隔离治疗也是非常关键的。