治疗新生儿科萨奇病毒B感染，中药治疗效果并不是很好，目前并没有特殊的方法治疗该病症。

治疗主要以对症治疗为主，要保护新生儿的心功能，维持水电解质平衡，提高身体的免疫力，防止继发感染的出现。新生儿科萨奇B病毒感染，在身体免疫力低下的新生儿中比较容易出现，容易造成心肌、脑等众多器官炎症性损害，并且该病症具有极强的传染性。

在治疗期间一定要注意隔离，新生儿的奶瓶、奶嘴、生活用品等，需要单独清洗消毒。