脑干血栓的消除通常包括药物溶栓、血管内介入治疗，以及解痉、扩张血管药物治疗。脑干血栓后引起的后遗症状较为严重，需要及时有效地治疗。

1.在血栓形成的急性窗口期内，可给予溶栓药物RTPA应用，部分可消除脑干血栓。

2.对于无法进行溶栓治疗者，可考虑给予血管内介入取栓治疗，有效复通率可达90％以上。

3.对于脑干血栓急性期过后，仍要给予降脂稳定斑块、抗凝、扩张血管及改善微循环等治疗，尽可能地消除血栓、改善神经功能受损的症状。