牙床上长肉色软包很疼的原因包括：

1.牙冠部的深龋或隐裂引发慢性根尖周炎时，牙根周围积聚大量炎性分泌物，不断破坏牙槽骨，穿出骨壁，在牙龈表面形成瘘管分泌脓液。如果上皮组织覆盖瘘管表层会形成窦道，造成长期不愈合，局部肿胀、疼痛。

2.磨牙牙根发生折裂时虽然松动度不明显，但是牙槽窝内有脓液溢出，并在颊舌侧形成脓包引发胀疼。

3.智齿萌出困难时牙龈覆盖在远中颌面反复刺激，会形成质地坚韧的龈瓣，有时形成息肉，容易破溃，产生疼痛。