脑干损伤最严重的后果就是危及生命，可以导致病人死亡。脑干是人的生命中枢，包括最基本的呼吸、心跳、体温和血压等，都是在这个位置所控制的。所以脑干损伤以后病情非常重，有很多是保不住命的。另外也有一部分虽然经过积极治疗以后能够保住生命了，但是可以出现长期昏迷不醒，成为植物人。

除此以外，还有一部分会留下一些严重后遗症，比如肢体瘫痪等。所以脑干损伤要积极的治疗，这样能够促进恢复预防后遗症。

这可以通过用一些营养神经药物、消肿脱水药物处理。在病情稳定后，如果有严重的后遗症或者是症状，比如昏迷等，可以做高压氧、针灸等，来促进病人的恢复。