脑干损伤会引起患者出现不同程度的神经功能障碍，甚至会威胁到患者的生命安全。

脑干损伤是一种非常严重的原发性脑损伤，患者大部分会出现相应的颅神经麻痹的表现，例如面神经麻痹，会出现周围性面瘫，而动眼神经瘫痪、外展神经瘫痪以及滑车神经瘫痪则会引起眼外肌麻痹。

如果是脑干下段损伤，还会引起患者延髓麻痹的症状，出现饮水呛咳、声音嘶哑、吞咽困难等严重颅神经受损的表现。假如受损的部位已经靠近延髓的生命中枢，患者还会出现病理性呼吸，严重的患者甚至可能会出现呼吸心跳停止而死亡。