婴儿肠炎一般需要跟以下疾病鉴别，避免混淆：

生理性腹泻，多发生在六个月以内的小婴儿。宝宝一般情况良好，食欲正常，外观多有虚胖，可能伴有湿疹，除了大便次数增多以外，没有其他异常表现。大便常规检查没有明显异常，也不影响宝宝生长发育，不需要特别治疗。

免疫因素导致的腹泻，比如非特异性结肠炎，大便多为脓血便，大便排后仍有不尽之感，可能伴有贫血症状。大便检查可以与婴儿肠炎相鉴别。

此外，宝宝消化不良也可以引起腹泻，大便检查没有明显炎症，多伴有腹胀、恶心、呕吐等胃肠道症状。