半夜拇指疼痛可能为以下原因引起：

1.颈椎病。主要见于神经根型颈椎病，当神经受到压迫和严重刺激时，就可导致上肢出现疼痛、麻木等症状。在确诊后可通过颈椎牵引、颈椎制动等方法，改善疼痛症状，并且改变日常不良坐姿，避免过度低头，防止颈部外伤。

2.关节炎。如果拇指关节存在痛风性关节炎，或者是类风湿性的关节炎，也会导致半夜拇指疼痛，同时还伴有红肿热痛等症状。

3.感染。如果拇指部位出现了软组织感染，当感染加重后就会导致拇指出现疼痛。