巧克力囊肿服用避孕药治疗有效果，但是只能缓解病情，不能够达到根治的效果。

巧克力囊肿如果是发病早期并且囊肿比较小，可以遵医嘱服用避孕药，或者肌注亮丙瑞林以及戈舍瑞林等药物治疗，一般使用三个月到六个月可以见效，有助于控制病情发展，减轻痛经症状等。

但是，随着病情进一步发展，巧克力囊肿逐渐长大引起卵巢增大，仅仅依靠服用避孕药的方式治疗效果可能不好，此时就需要配合医生手术剥离囊肿。