卵巢巧克力囊肿吃短效避孕药是会得到不同程度的抑制，但是一般不会因为吃避孕药而明显减小。尤其是体积比较大的卵巢巧克力囊肿，不可能因为吃短效避孕药而彻底消失。

卵巢巧克力囊肿是属于雌激素依赖性疾病，一般只要是周期性的来月经，它就不会自然地缩小到消失。除非是体积比较小一些的卵巢巧克力囊肿，会随着绝经，或者是应用一些假绝经药物来帮助萎缩。

大多数的卵巢巧克力囊肿，最终需要做手术治疗才可以消失。