高密度脂蛋白低的原因有很多，比如高密度脂蛋白水平明显受遗传因素影响，也受雌激素等性激素水平的影响，高密度脂蛋白减低与饮食习惯和生活习惯不良有关，还可见于糖尿病、甲状腺功能低下、肝功能受损等疾病，或应用某些药物有关。

高密度脂蛋白是由肝脏和小肠合成的，能将外周组织如血管壁内胆固醇转运到肝脏，进行分解代谢，也就是胆固醇逆转运，可以减少胆固醇在血管壁的沉积，起到抗动脉粥样硬化的作用。

所以当因为吸烟或者是糖尿病、酒精性肝炎、酒精性中毒、严重的代谢性应激、甲状腺机能减退症各种功能所导致的高密度脂蛋白降低时，要及时治疗原发疾病。