对于衣原体引起的尿路感染治疗，主要是进行抗生素药物治疗，对于药物首选四环素类或者大环内脂类进行抗生素使用，首选阿奇霉素或者多西环素，对于衣原体具有较好的治疗效果，如果患者耐药，也可以选择喹诺酮类抗生素，一般首选左氧氟沙星或者可乐必妥来进行对症治疗，患者在治疗期间需要多喝水，勤排尿，多运动，多锻炼，如果是由于交叉感染引起，那么，对于性伴侣也需要同时检查治疗，如果双方都存在衣原体感染，那么，需要同时治疗，并且在治疗期间需要禁忌性生活，以防止男性的衣原体尿路感染导致女性出现衣原体阴道炎。对于患者治疗之后，也需要定期去泌尿外科进行复查，检查pcr，也就是聚合酶链式反应，看衣原体是否已经阴性。