小便时肛门附近刺痛，考虑是前列腺炎、输尿管结石等原因引起的。

尿道口和肛门之间的位置，也就是会阴，这个部位发生刺痛，考虑与泌尿系统疾病有关。如果是男性患者，可能是前列腺炎，主要表现为会阴部位胀痛，伴有尿频、尿急、尿道刺痛感，疼痛还会放射到腹股沟。

输尿管结石，会造成排尿不畅，也会引起会阴部位有放射疼痛，伴有排血尿的现象。间质性膀胱炎、腺性膀胱炎，在排尿时同样可引起肛门附近刺痛感。