卵巢囊肿的手术方法主要包括以下几种：

目前最常用的手术方法就是腹腔镜下的微创手术，通过在女性的腹部进行3个1cm左右的手术切口，置入腹腔镜的器械，在腹腔内进行操作，同时用人工气腹将腹壁膨胀，这样就有一定的操作空间。手术以后恢复得是很快的。

另外一种手术方式就是开腹手术，主要针对于一些有严重的腹腔粘连或者不能进行全麻下的腹腔镜手术的病人可以进行开腹手术操作。开腹手术恢复相对较慢一些，但是一般在手术后1个月左右，病人的身体就可以完全康复。

还有一种方法，是进行卵巢囊肿的穿刺手术。这种情况一般在超声引导下进行卵巢囊肿的穿刺，但是复发率相对较高一些。