肛瘘的治疗一般需要行手术治疗才能完全治愈。但对于有些高龄或者身体不能耐受手术的肛瘘患者，也可以采取用药的保守治疗，但需要注意的保守治疗仅仅能控制肛瘘的症状，并不能完全治愈肛瘘。肛瘘的手术方式包括瘘管切开、瘘管切除术以及高位肛瘘挂线术。其中瘘管切开和瘘管切除术一般适用于低位肛瘘，手术非常简单，瘘管明确的情况下，一般术后复发率都比较低。而高位的肛瘘行瘘管切开或者瘘管切除术有可能会造成患者术后肛门失禁，所以需要行挂线术，高位肛瘘的平均复发率大约在20%左右，所以应在术前详细检查，明确瘘管的走行内口的位置以及数量再行手术治疗。