血清阴性脊柱关节病的常见症状主要是出现缓慢发生的下腰、背部酸痛不适或者臀部的疼痛不适，以及大腿根部的酸痛不适。这些症状还可能放射到下肢，类似坐骨神经痛。

病情严重的患者，有可能出现夜间翻身费力或者影响到睡眠，需要下床活动后才能重新入睡。而且还可能会伴有外周关节的症状，比如出现膝关节、踝关节或者足趾关节等的肿胀、疼痛以及僵硬感。严重者会导致明显的活动受限。

此外，还可能伴有发热、乏力、消瘦、食欲下降以及出现眼睛的病变等。