脑部微创手术尽管创伤小、恢复快，但是仍然有可能会引起一定的后遗症。

脑部微创手术可以减少后遗症的发生及减轻后遗症的严重程度，如垂体瘤经鼻蝶入路内镜下的微创治疗，往往可以明显地减少对脑组织、视神经、颈内血管的损伤。

听神经瘤的微创手术，可以提高术后面神经功能的保存，虽然脑部微创手术可以明显降低后遗症的发生，但是脑部微创手术仍然会引起脑组织、神经、血管损伤，而出现一些手术的后遗症。如额叶的损伤会导致精神症状，枕叶的损伤会导致视觉的受损。丘脑、基底节、脑干区域即使通过微创手术清除血肿，仍然会导致对侧肢体偏瘫的发生。

因此，脑部微创手术可以减轻、减少手术的后遗症，但有些部位、有些病变的脑部微创手术后遗症，无法避免。