导致婴儿患有结肠炎的主要原因有：肠胃功能不成熟、感染、饮食不当等。

结肠炎在早产儿的身体上发病率比较高，这些婴儿身体发育不是特别完善，会存在有胃酸分泌少、肠胃动力差等现象。因为消化系统的黏膜保护能力比较弱，因此患有结肠炎的可能性会相对比较高。在婴幼儿时期，家长应做好卫生、护理工作，尽量避免出现感染。一旦消化系统中受到感染，会导致肠道黏膜受到损伤，而诱发结肠炎。

部分家长在喂养婴幼儿时，会使用渗透压过高的配方乳进行喂养，这种情况下，会对婴儿未成熟的肠黏膜造成损坏，甚至诱发结肠炎发作。