肛门一阵一阵疼，首先就是到正规医疗机构的肛肠科进行就诊，一般通过肛门望诊，肛门指检，肛门触诊就可以初步明确诊断。肛门一阵一阵疼，首先是考虑有肛门周围脓肿或者是直肠黏膜下脓肿的情况，在肛门周围的组织发生感染以后，会发生组织的坏死液化，会有脓液的形成，会出现肛门位置鼓胀样的疼痛，可以表现为一阵一阵的疼。

另外也要排除是不是有肛裂的情况，肛裂裂口如果比较深，肛门括约肌外露也可以出现刀割样或者是撕裂样的疼痛，尤其是陈旧性的肛裂，还会出现间歇性的疼痛。

再者就是排除是不是由于痔疮发生了水肿、血栓等因素所引起的肛门疼痛。