跑步的时候肚子痛在排除其他的胃肠道疾病的情况下，可能是因为应激性胃痉挛。

跑步可以引起血液循环加快、交感神经兴奋、肾上腺素分泌增加、心率加快，出现缺氧，从而引起胃肠痉挛，并且出现腹痛症状。

除此之外，也可能是由于准备活动不足、运动不规律，或强度不适合引起内脏器官不能适应剧烈的运动所致，或者是由于不良运动习惯引起的。如过饱饥饿或饭后1小时内运动，这些均可以引起胃痉挛，牵扯神经产生的疼痛，所以在运动的时候一定要循序渐进，逐渐提高体能。