贲门粘膜撕裂综合征的发生机制尚不完全清楚。一般是由于呕吐时胃内容物进入痉挛的食管，加之膈肌的收缩，使末端的食管压力急剧升高，而引起贲门部的粘膜撕裂。

和许多疾病有关，贲门粘膜撕裂综合征常在剧烈呕吐后发生，所以酗酒是最常见的诱因，还和其它的一些疾病有关，比如溃疡病、胃肿瘤、妊娠剧烈呕吐、胃肠炎等等。特别有合并食管裂孔疝的患者最常见。

呕血是最常见的症状，并且会伴有黑便，出血量大时，会导致患者出现失血性休克。