食管贲门黏膜撕裂综合征发生的具体机制不是完全清楚，一般认为是呕吐时胃内容物进入到痉挛的食管，加上膈肌收缩，使末端食管内压力急剧增高而引起贲门部的粘膜撕裂。腹内压力和胃内压力骤然升高是产生食管贲门黏膜撕裂综合症的最基本原因。胃内压力增高的最主要原因是剧烈干呕和呕吐。在饱餐后充满食物的胃一般不能再耐受压力的升高、医源性干呕和呕吐、妊娠剧吐、食管炎、急性胃肠炎、活动性消化性溃疡、急性胆囊炎、急性胰腺炎、放置胃管、内镜检查、糖尿病酸中毒、尿毒症等等都是引起剧烈呕吐的原因。但是剧烈的干呕和呕吐并不是唯一的原因。引起胃内压力增加的任何情况都能导致粘膜撕裂，包括剧烈咳嗽、用力排便、举重、分娩、麻醉期间的严重呃逆、胸外按摩、喘息状态、癫痫发作、腹部钝性挫伤等等。某些腹内疾病如食管裂孔疝、消化性溃疡、胃炎、食管炎、肝硬化等等往往也会和食管贲门黏膜撕裂综合征同时存在。