食管贲门黏膜撕裂综合征最主要的危害是引起消化道出血。如果病情比较轻、撕裂深度并不深，病人可能仅仅表现为呕吐物中含有少量的血丝，或者仅仅有几次的黑便。如果撕裂深度比较深，那么病人可能会出现比较严重的呕血，呕血量大的时候，病人会出现头晕、心悸等循环血容量不足的表现。并且病人还可能会由于心脑血管供血不足，而导致心脑血管的疾病，比如脑梗塞、急性心肌梗塞等等疾病。这种情况常见于年老体弱或者是有动脉硬化的老年患者。另外食管贲门黏膜撕裂综合征出血量大时，病人可能会出现失血性休克而危及病人的生命。另外一种为严重的危害，就是食管贲门粘膜撕裂综合征由于撕裂的深度比较深，可能会引起食管自发性破裂，这种情况一旦发生，需要胸外科紧急手术治疗。