肛门外有小肉疙瘩还疼，可能是以下疾病所导致：

1.痔疮，包括血栓性外痔、炎性外痔。肉疙瘩形状比较规则，表面覆盖肛门周围皮肤，多数可以通过用药等保守治疗，消除或者缩小肉疙瘩，消除症状。

2.肛乳头瘤，一些肛乳头瘤会脱出肛门。当其反复脱出，就有可能导致局部出现感染甚至糜烂，也会伴有疼痛症状，需要手术治疗。

3.肛瘘外口，肛瘘外口一般位于肛门周围皮肤。由于肛瘘会出现反复的感染，而肛瘘外口是由慢性炎症刺激导致肉芽增生所形成的组织，所以也会伴有疼痛症状，也需要手术治疗。

另外，也有可能是直肠息肉。直肠息肉脱出或者内痔脱出等。具体患者需要去医院找肛肠专科医生就诊，明确疾病的诊断后，再采取相应的治疗。