做根管后上下牙碰一起疼痛，可能的原因有以下几个方面：

1.在根管治疗根管预备时，可能会导致根管内坏死物质推出到根尖周围，而造成咬合疼痛。

2.根管治疗中的根管封药选用的药物不当，对根尖周组织有较大的刺激性，会导致急性反应而出现上下牙碰一起疼痛。

3.根管治疗中根充以后，如果根管充填物超出根尖周组织，同样会刺激根尖周组织而出现咬合疼痛。

4.做根管后牙齿充填完毕，有可能出现咬合创伤，会导致上下牙碰一起疼痛。

所以，当出现这种症状需要及时去医院处理。