月经不干净如何治疗，应该根据导致月经不干净的原因进行。

1.如果女性是由于体内激素不稳定，导致子宫内膜剥脱不全，可以给予促进子宫恢复、祛瘀生新的药物进行治疗，如新生化颗粒、益母草颗粒等。也可以应用雌孕激素周期疗法进行治疗，还可以应用短效避孕药规律月经。

2.如果女性月经不干净，是子宫内膜息肉、子宫肌瘤，或子宫腺肌病等原因导致，可以积极治疗原发疾病。可以利用宫腔镜治疗，也可以进行腹腔镜治疗。

3.如果月经不干净是血液系统疾病，或凝血功能障碍导致，应该给予止血治疗的同时积极查找病因，针对原发病进行治疗。