醒来头疼的原因大致如下：

1.由于睡眠环境过于密闭，空气流通比较差，导致睡觉过程中大脑缺氧，表现出上述症状。同时轻微的一氧化碳中毒也会出现醒来头疼不适。建议及时查找原因，消除诱发因素。

2.由于身体出现了不适症状引起，例如既往患有高血压、冠心病的患者，夜间睡眠质量不好导致疾病复发，出现上述症状。同时脑血管疾病，例如脑血管意外或者脑梗塞的先兆等，也容易出现醒来头疼症状。建议及时做详细的检查，尽早给予治疗。