由于临床医生经验的积累以及医疗技术水平的发展，目前肛周脓肿大多只需要做一次手术，称之为肛周脓肿根治术。

在手术时就探查并明确肛周脓肿的内口位置，将内口连同脓腔一并切开，绝大多数肛周脓肿经一次性根治术后，就不会发展成为肛瘘，而需要二次手术。

但在以前，肛周脓肿一般都是分次手术，也就是需要做两次手术。第一次是单纯的将脓腔切开引流，绝大多数会形成肛瘘，在三个月以后再行肛瘘根治性手术。虽然一次性根治术比单纯切开引流创伤更大一点，但可以避免二次手术。