白芥子不宜与温热性质的中药配伍使用，尤其需避免与附子、肉桂、干姜等辛热燥烈之品同用。这类药物性味辛温，与白芥子同属温性，叠加使用易导致体内热邪壅滞，引发口干舌燥、咽喉肿痛等上火症状，甚至可能损伤阴液。白芥子与甘遂、大戟等峻下逐水药也需谨慎配伍，因其药性峻猛，合用可能加剧对胃肠道的刺激，引发腹痛或腹泻。
白芥子性辛温，归肺经，具有温肺化痰、利气散结的功效，常用于寒痰咳喘、阴疽流注等症。其辛散之力较强，若与同样具有发散作用的麻黄、细辛等药物同用，可能过度耗散肺气，反而加重咳嗽或气喘。对于阴虚火旺或肺热咳嗽者，白芥子本身需慎用，若再配伍黄芩、黄连等苦寒药，虽可暂制其温性，但可能削弱化痰散结的疗效，导致治疗目标冲突。白芥子含有挥发油及刺激性成分，与某些镇静安神类药物如酸枣仁、远志同用时，可能影响后者的药效发挥。
使用白芥子时需注意体质与证候的匹配。湿热体质或实热证患者应避免单独或过量使用，以免助热生火。外用时需防止皮肤过敏，内服时应控制剂量，过量可能引起恶心、呕吐等不良反应。孕妇及出血性疾病患者禁用，因其辛温走窜之性可能动血伤胎。在复方配伍中，建议由中医师根据具体病情调整药物组合，避免药性相冲或功效抵消。储存时需密封防潮，以免挥发油成分流失影响药效。
