先天性肾萎缩存在遗传可能，具体取决于病因类型。部分先天性肾萎缩由基因突变或染色体异常引起，这类情况具有家族遗传倾向；而由孕期感染、药物暴露等环境因素导致的病例，通常不会遗传。遗传模式可能为常染色体显性、隐性或X连锁遗传，需通过基因检测明确。
先天性肾萎缩的遗传机制复杂多样。单基因遗传病如常染色体显性多囊肾、Alport综合征等均可导致肾脏发育异常，子代有50%概率继承致病基因。隐性遗传病例中，父母若为携带者，子女25%可能发病。X连锁遗传多见于男性患者，女性多为携带者。部分综合征型肾萎缩如Bardet-Biedl综合征涉及多基因异常，遗传风险更难预测。表观遗传修饰异常也可能影响肾脏发育基因表达，这类改变存在跨代传递可能。全外显子测序和家系分析是明确遗传风险的关键技术。
确诊先天性肾萎缩后建议进行遗传咨询。孕期超声联合羊水基因检测可评估胎儿风险，但需注意环境致畸因素的干扰。已生育患儿的家庭再孕前应完成致病基因定位，胚胎植入前遗传学诊断可阻断致病基因传递。患者亲属需筛查尿常规和肾功能，尤其关注儿童期夜尿增多、生长发育迟缓等信号。环境因素相关病例虽无遗传风险，但需警惕孕期高血压、糖尿病等母体疾病对胎儿肾脏的二次损伤。基因治疗尚处研究阶段，当前以对症支持和延缓肾功能恶化为主。
